Как сообщается на сайте СК РФ, Исаев, "являясь участником преступного сообщества «Имарат Кавказ» (запрещенная в РФ террористическая организация), в 2009-2010 годах, используя служебное положение, предоставлял информацию руководителям преступного сообщества о деятельности Кизлярского РОВД и специальных операциях против незаконных вооруженных формирований.
Кроме того, он неоднократно лично перевозил руководителей структурных подразделений преступного сообщества по территории Республики Дагестан, а также лично доставил на автомобиле одну из смертниц с закрепленным на ней самодельным взрывным устройством на автостанцию в районе Кизляра для ее выезда в Москву и совершения террористического акта".
В настоящее время следователями Исаеву предъявлено обвинение в совершении преступлений, предусмотренных ч.3 ст.210, ч.3 ст.209, п.«б» ч.3 ст.205 УК РФ (участие в преступном сообществе, совершенное лицом с использованием своего служебного положения; бандитизм; террористический акт).