В мае 2021 года Василий Афанасьев был задержан в Якутске. Следствием было установлено, что в 2018 году заместителю министра стало известно об искусственном завышении объемов заготовки молока и получении завышенной субсидии сельскохозяйственным потребительским кооперативом. Как полагало следствие, желая извлечь для себя материальную выгоду, Афанасьев обязал директора кооператива ежегодно перечислять ему денежные средства за общее покровительство и оказание содействия при незаконном получении субсидий, общая сумма которых составила свыше 40 миллионов рублей.
По данным следствия, за период с 2018 по 2021 годы заместитель министра получил от директора предприятия взятку в общей сумме свыше 1 миллиона 100 тысяч рублей.
В ходе проверки прокуратурой республики был установлен банковский счет чиновника, на который со сторонних счетов в 2018-2020 гг. поступило более 15,9 млн рублей. При этом сведения о данных средствах Афанасьевым были сокрыты, в справках о доходах не отражены.
Через несколько дней после задержания к якутянам обратилась мать Афанасьева, которая просила его не очернять и считала, что ее сына оклеветали. "Дождитесь окончания суда, не проклиная и не нападая. Это все черная клевета, надеюсь, правду докажут. Василий выкарабкается. Не стоит растаптывать его", - писала женщина. Позже в соцсетях была открыта страница в поддержку задержанного экс-замминистра сельского хозяйства РС(Я). За короткое время подписались более 700 человек.
Уголовное дело поступило в Якутский городской суд 3 июня 2022 года. 29 мая этого года в Якутском городском суде судьей Эльвирой Минеевой было рассмотрено уголовное дело в отношении Василия Афанасьева, обвиняемого по части 6 ст. 290, ч. 3 ст. 285, ч. 6 ст. 290 УК РФ.
Суд признал Афанасьева виновным в совершении преступлений и назначил наказания 13 лет лишения свободы с отбыванием наказания в колонии строгого режима, штраф в размере 30 миллионов рублей и лишение права занимать должности государственной службы сроком 14 лет.
